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一費用

会社設立にかかるお金の全体像——株式会社と合同会社

株式会社と合同会社で、法定費用はここが違う

会社を作るときに必ず国や公証人へ納めるお金を、法定費用といいます。株式会社では定款の認証手数料と登録免許税、合同会社では登録免許税だけがこれに当たります。

差が生まれるのは、合同会社の定款には公証人の認証が要らないからです。会社法は株式会社の定款について「公証人の認証を受けなければ、その効力を生じない」と定めていますが、合同会社を含む持分会社にはこれに当たる規定を置いていません。

会社法 第30条（株式会社の定款の認証）

第三十条　第二十六条第一項の定款は、公証人の認証を受けなければ、その効力を生じない。

２　前項の公証人の認証を受けた定款は、株式会社の成立前は、第三十三条第七項若しくは第九項又は第三十七条第一項若しくは第二項の規定による場合を除き、これを変更することができない。

会社法 第575条（持分会社の定款の作成——合同会社を含む）

第五百七十五条　合名会社、合資会社又は合同会社（以下「持分会社」と総称する。）を設立するには、その社員になろうとする者が定款を作成し、その全員がこれに署名し、又は記名押印しなければならない。

２　前項の定款は、電磁的記録をもって作成することができる。この場合において、当該電磁的記録に記録された情報については、法務省令で定める署名又は記名押印に代わる措置をとらなければならない。

定款の認証手数料は、令和 6 年 12 月から最低 1 万 5,000 円になった

株式会社の定款認証の手数料は、資本金の額等によって三段階に分かれています。100 万円未満で 3 万円、100 万円以上 300 万円未満で 4 万円、それ以外で 5 万円です。

これに加えて、令和 6 年 12 月 1 日から 1 万 5,000 円 の区分ができました。資本金の額等が 100 万円未満で、次の三つをすべて満たす場合です。発起人の全員が自然人で 3 人以下であること。発起人が設立時発行株式の全部を引き受ける旨が定款にあること。取締役会を置く旨が定款にないこと。

一人で小さく始める会社は、この三つに当てはまることが多くあります。ただし、施行より前に認証を嘱託していた場合は従前どおり 3 万円です。

日本公証人連合会「会社の定款認証手数料の改定」（令和6年政令353号・令和6年12月1日施行）（抜粋）

株式会社又は特定目的会社の定款の認証の手数料について、これまで「5万円」であったものが、令和4年1月1日から、資本金の額等が100万円未満の場合「3万円」に、資本金の額等が100万円以上300万円未満の場合「4万円」に、その他の場合「5万円」にと改められました。

１．現行手数料令第35条第1号の規定が改正され、3万円と定められていた資本金の額等が100万円未満の株式会社の定款の認証手数料について、次の(1)から(3)までのいずれにも該当する場合にあっては、1万5,000円とされました。

(1) 発起人の全員が自然人であり、かつ、その数が3人以下であること。

(2) 定款に発起人が設立時発行株式の全部を引き受ける旨の記載又は記録があること。

(3) 定款に取締役会を置く旨の記載又は記録がないこと。

紙の定款に貼る 4 万円の収入印紙は、電子定款なら要らない

印紙税法は、会社の設立のときに作られる定款の原本を課税文書とし、1 通につき 4 万円と定めています。課税されるのは紙で作った定款であり、電磁的記録で作った定款はこの課税文書に当たりません。

会社法は、株式会社の定款も持分会社の定款も、電磁的記録で作ってよいと定めています。つまり電子定款にすれば、株式会社でも合同会社でも 4 万円は発生しません。この 4 万円は、削れる金額のなかでいちばん大きいものです。

印紙税法 別表第一 第6号文書（定款）——課税額と非課税物件（抜粋）

六　定款

１　定款は、会社（相互会社を含む。）の設立のときに作成される定款の原本に限るものとする。

一通につき四万円

１　株式会社又は相互会社の定款のうち、公証人法第五十八条第三項（書面の定款の認証）の規定により公証人の保存するもの以外のもの

会社法 第26条（株式会社の定款の作成）

第二十六条　株式会社を設立するには、発起人が定款を作成し、その全員がこれに署名し、又は記名押印しなければならない。

２　前項の定款は、電磁的記録（電子的方式、磁気的方式その他人の知覚によっては認識することができない方式で作られる記録であって、電子計算機による情報処理の用に供されるものとして法務省令で定めるものをいう。以下同じ。）をもって作成することができる。この場合において、当該電磁的記録に記録された情報については、法務省令で定める署名又は記名押印に代わる措置をとらなければならない。

登録免許税は資本金の 0.7 パーセント、下限が株式会社 15 万円・合同会社 6 万円

設立登記のときに納める登録免許税は、登録免許税法の別表第一に定めがあります。税率は株式会社も合同会社も資本金の額の 1000 分の 7 で、計算した額がこれを下回るときの最低額が、株式会社 15 万円、合同会社 6 万円です。

資本金が 2,142 万円あたりまでは最低額のほうが大きくなりますので、多くの会社では実際に納めるのは 15 万円か 6 万円です。この額は全国どこで登記しても同じです。

登録免許税法 別表第一 第24号(一)イ・ハ（株式会社・合同会社の設立の登記の税率と最低額）（抜粋）

イ　株式会社の設立の登記（ホ及びトに掲げる登記を除く。）資本金の額　千分の七（これによつて計算した税額が十五万円に満たないときは、申請件数一件につき十五万円）

ロ　合名会社若しくは合資会社又は一般社団法人等の設立の登記申請件数一件につき六万円

ハ　合同会社の設立の登記（ホ及びトに掲げる登記を除く。）資本金の額　千分の七（これによつて計算した税額が六万円に満たないときは、申請件数一件につき六万円）

二自分でやる

全部自分でやる場合——どこで詰まるか

自分でやれば、法定費用だけで会社は作れる

会社の設立に、専門家への依頼を義務づける規定はありません。定款を自分で作り、公証役場へ自分で出向き、登記申請書を自分で法務局へ出せば、支払うのは法定費用だけです（一章）。

法務省は登記申請書の様式と記載例を公開していますし、登記・供託オンライン申請システムを使えば窓口へ行かずに申請することもできます。

詰まるのは、電子定款の電子署名

自分でやる場合にいちばん引っかかるのが、電子定款です。電磁的記録の定款には、署名や記名押印に代わる措置として電子署名が要ります。

そのためにはマイナンバーカードなどの電子証明書と、PDF に電子署名を付けられるソフトウェアが要ります。ソフトウェアを買い揃えると、削ろうとしていた 4 万円と釣り合わなくなることがあります。電子署名だけを有資格者に頼む選択肢があるのは、この釣り合いのためです（五章）。

時間と、やり直しが代価になる

自分でやるときに払うのは、お金ではなく時間です。商号と事業目的を決め、定款を作り、資本金を払い込み、登記申請書と添付書類を揃える。書類に不備があれば法務局から補正を求められ、そのぶん設立日が後ろへずれます。

設立日を動かしたくない事情がある場合や、許認可の取得を控えている場合は、この不確かさが実際の損になります。

三サービスの類型

格安サービスの三つの類型と、その値段の理由

セルフ型——道具を借りるだけで、代わってもらうものはない

無料または低額で使える会社設立支援ツールがあります。画面の質問に答えると、定款や登記申請書が出来上がる仕組みです。

安い理由は、誰かが代わりに何かをしているわけではないことにあります。入力するのはご自身で、書類を作っているのもソフトを操作しているご自身です。出来上がった書類を持って公証役場へ行くのも、法務局へ出すのもご自身になります。

他人の依頼を受けて書類を作る行為でも、申請を代理する行為でもありませんので、資格の要る場面が出てきません（四章）。会計ソフトの契約とセットになっているものが多く、その契約が続くかぎり費用は発生します。

顧問契約セット型——設立手数料が 0 円になる理由

設立手数料 0 円をうたう税理士事務所のサービスがあります。0 円になるのは、設立後の顧問契約で回収する前提だからです。

ですので、比べるべきは設立のときに払う額ではありません。顧問報酬に契約期間を掛けた総額と、途中でやめられるかどうかです。決算料が顧問報酬と別立てかどうかも、総額を大きく動かします。

スポット丸投げ型——工程ごとに、そのつど頼む

スキルシェアのマーケットプレイスでは、工程ごとに出品が並んでいます。電子定款の電子署名だけ、定款の作成だけ、設立登記まで、設立後の税務届出まで、社会保険の加入手続だけ。

継続契約が発生しないのが、他の二つとの最大の違いです。そのかわり、どこまでを誰に頼むのかを自分で決めることになります。その判断の材料になるのが、次章にまとめた「誰に何を頼めるか」です（四章）。

四つの物差しで並べる

三つの類型は、金額だけで並べても比べられません。次の四つで見ると違いがはっきりします。

• 実費：法定費用のうち、どこまでを自分が負担するか
• 誰が代理するか：書類を作るだけか、申請まで代理するか
• 継続契約の有無：設立後に契約が続くか、その場で終わるか
• かかる日数：自分の手が要る工程がどれだけ残るか

四頼める人

誰に何を頼めるか

工程ごとに、代理できる人が法律で決まっている

会社設立は一つの手続きに見えて、実際には別々の法律が支配する工程の連なりです。定款を作る、定款の認証を受ける、設立登記を申請する、設立後の税務届出を出す、社会保険に加入する。それぞれに、他人の依頼を受けて報酬を得てよい人が定められています。

とりわけ厳しいのが登記です。司法書士法は登記手続の代理と法務局へ提出する書類の作成を司法書士の業務とし、司法書士でない者がこれを行うことを禁じています。違反すれば 1 年以下の拘禁刑または 100 万円以下の罰金です。

司法書士法 第3条第1項第1号・第2号（業務——登記手続の代理・法務局提出書類の作成）（抜粋）

第三条　司法書士は、この法律の定めるところにより、他人の依頼を受けて、次に掲げる事務を行うことを業とする。

一　登記又は供託に関する手続について代理すること。

二　法務局又は地方法務局に提出し、又は提供する書類又は電磁的記録（電子的方式、磁気的方式その他人の知覚によつては認識することができない方式で作られる記録であつて、電子計算機による情報処理の用に供されるものをいう。第四号において同じ。）を作成すること。ただし、同号に掲げる事務を除く。

司法書士法 第73条（非司法書士等の取締り）

第七十三条　司法書士会に入会している司法書士又は司法書士法人でない者（協会を除く。）は、第三条第一項第一号から第五号までに規定する業務を行つてはならない。ただし、他の法律に別段の定めがある場合は、この限りでない。

２　協会は、その業務の範囲を超えて、第三条第一項第一号から第五号までに規定する業務を行つてはならない。

３　司法書士でない者は、司法書士又はこれに紛らわしい名称を用いてはならない。

４　司法書士法人でない者は、司法書士法人又はこれに紛らわしい名称を用いてはならない。

５　協会でない者は、公共嘱託登記司法書士協会又はこれに紛らわしい名称を用いてはならない。

設立登記の代理ができるのは、司法書士・弁護士と、会社設立を委嘱された公認会計士

司法書士法の禁止には「他の法律に別段の定めがある場合」というただし書があります。弁護士法 3 条 1 項の「一般の法律事務」がこれに当たると解されており、弁護士は登記を扱えます。

公認会計士については、昭和 25 年 7 月 6 日民事甲第 1867 号の法務省民事局長回答があります。公認会計士が会社その他法人の設立を委嘱された場合に、その附随行為として登記申請書類の作成と申請代理を行うことを差し支えないとしたものです。根拠として引かれるのは、財務に関する調査・立案・相談を業とできるとした公認会計士法 2 条 2 項です。

弁護士法 第3条（弁護士の職務）

第三条　弁護士は、当事者その他関係人の依頼又は官公署の委嘱によつて、訴訟事件、非訟事件及び審査請求、再調査の請求、再審査請求等行政庁に対する不服申立事件に関する行為その他一般の法律事務を行うことを職務とする。

２　弁護士は、当然、弁理士及び税理士の事務を行うことができる。

公認会計士法 第2条（公認会計士の業務——監査証明業務と第2項の付随業務）（抜粋）

第二条　公認会計士は、他人の求めに応じ報酬を得て、財務書類の監査又は証明をすることを業とする。

２　公認会計士は、前項に規定する業務のほか、公認会計士の名称を用いて、他人の求めに応じ報酬を得て、財務書類の調製をし、財務に関する調査若しくは立案をし、又は財務に関する相談に応ずることを業とすることができる。ただし、他の法律においてその業務を行うことが制限されている事項については、この限りでない。

昭和25年7月6日 民事甲第1867号 民事局長回答（公認会計士が会社設立を委嘱された場合の登記申請書類の作成・申請代理）（抜粋）

計理士又は公認会計士、会計士補が会社その他法人の設立を委嘱された場合その附随行為として登記申請書類（定款、株式申込書、引受書、創立総会議事録等の添付書類を含む）の作成及び申請代理を為すことは、司法書士法（昭二五、五、二二法律第一九七号）第十九条の正当の業務に付随して行う場合に該当し差支えないと考えられますが、いささか疑義がありますので御回示願いたく照会いたします。

（注） 回答——照会に係る標記の件は、貴見の通り積極に解して差し支えない

税理士と行政書士は、設立登記の代理をできない

同じ問いを税理士について照会したのが、昭和 35 年 3 月 28 日民事甲第 734 号の民事局長電報回答です。公認会計士にはできるが税理士にはできない、という照会に対し、そのとおりと回答しています。税理士法は司法書士法のただし書にいう「他の法律に別段の定め」に当たらない、という整理です。

行政書士も同じです。行政書士法 1 条の 3 は、官公署に提出する書類の作成を業とできると定めています。ただし同条 2 項が、その業務を行うことが他の法律において制限されているものは行えないとしています。定款の作成は行政書士の業務ですが、登記申請はそこに含まれません。

逆に、設立後の税務届出は税理士だけの業務です。法人設立届出書や青色申告の承認申請書を他人の依頼で作ることは税務書類の作成に当たり、税理士法 52 条がこれを税理士以外に禁じています。社会保険と労働保険の手続も、社会保険労務士法が同じ形で定めています。

昭和35年3月28日 民事甲第734号 民事局長電報回答（税理士は設立登記の申請代理をできない）（抜粋）

計理士または公認会計士が会社その他法人の設立を委嘱された場合、その附随行為として登記申請書類の作成及び申請代理をなすことができるが、税理士についてはこのような設立及び附随行為はできないと思料いたしますところ、いささか疑義が生じましたので至急電信にて回報下さるよう照会します。

（注） 回答——貴見のとおりと考える

行政書士法 第1条の3（業務——官公署に提出する書類等の作成）

第一条の三　行政書士は、他人の依頼を受け報酬を得て、官公署に提出する書類（その作成に代えて電磁的記録（電子的方式、磁気的方式その他人の知覚によつては認識することができない方式で作られる記録であつて、電子計算機による情報処理の用に供されるものをいう。以下同じ。）を作成する場合における当該電磁的記録を含む。以下この条及び次条において同じ。）その他権利義務又は事実証明に関する書類（実地調査に基づく図面類を含む。）を作成することを業とする。

２　行政書士は、前項の書類の作成であつても、その業務を行うことが他の法律において制限されているものについては、業務を行うことができない。

税理士法 第52条（税理士業務の制限）

第五十二条　税理士又は税理士法人でない者は、この法律に別段の定めがある場合を除くほか、税理士業務を行つてはならない。

だから「丸投げ」は、資格の組み合わせで決まる

ここまでをまとめると、こうなります。

定款から設立登記までを一人に頼めるのは、司法書士か、弁護士か、設立を委嘱された公認会計士です。そこに設立後の税務届出までを足すと、税理士の資格が要ります。社会保険まで足すなら社会保険労務士です。

つまりどこまで丸投げできるかは、相手が持っている資格の組み合わせで決まります。格安をうたうサービスの値段が工程ごとに割れているのも、無料のツールが「登記はご自身で」と書いているのも、この決まりがあるからです。依頼先を選ぶときに見るところは、料金の前に資格の表示です（五章）。

六手続き先

東京都で登記を出す先と公証役場

設立の登記を出す法務局

設立の登記を出す先は、本店をどの市区町村に置くかで決まります。東京都内で商業・法人登記の申請を受け付けているのは 23 か所です。

東京法務局 取扱事務一覧表（商業・法人登記、電子認証）（2025年5月27日現在）

窓口へ行かずに申請する方法もあります。法務省の登記・供託オンライン申請システムを使うと、申請書の作成から提出までを画面上で進められます。

東京都の公証役場

株式会社を作る場合、定款は公証人の認証を受けなければ効力を生じません（一章）。合同会社にこの手続きはありません。東京都内の公証役場は 45 か所です。

日本公証人連合会 公証役場一覧

地図は東京都の位置を示すために置いています。各庁舎の場所は上の表のリンクからご確認ください。

東京都は、会社の設立登記を受け付ける法務局が23 か所に分かれています。本店の住所がある区市町村ごとに申請先が決まっており、たとえば渋谷区と目黒区は渋谷出張所、足立区と葛飾区は城北出張所というように、一つの庁が複数の区を受け持つ場合もあります。千代田区・中央区・文京区と島しょ部だけが九段下の本局の管轄です。書類を持参する前に、本店所在地がどの庁の管轄かを必ず確かめてください。

設立後の都税の届出は、主たる事務所の所在地を所管する都税事務所（多摩地域は都税支所、島しょ部は支庁）へ、開始の日から 15 日以内に法人設立・設置届出書を提出します。23 区内に本店を置く場合は、市町村民税にあたる分もあわせて都民税として都税事務所に申告・納付する扱いになり、区役所への申告は要りません。多摩地域の市町村に本店を置く場合は、都税事務所（都税支所）への都民税の申告とは別に、市役所・町村役場へ市町村民税を申告します。

最終確認日：2026年8月31日

七毎年のお金

東京都で会社を持つと毎年かかるお金

均等割は、都道府県ぶんと市区町村ぶんに分かれる

会社を作るときのお金は一度きりですが、会社を持ち続けるかぎり毎年かかるお金があります。法人住民税の均等割です。所得がなくても、赤字でも納めます。

均等割は都道府県ぶんと市区町村ぶんに分かれ、それぞれ別に納めます。地方税法が定める標準税率は、資本金等の額が 1,000 万円以下の会社で、都道府県ぶんが年 2 万円、市区町村ぶんが年 5 万円です（市区町村ぶんは従業者数 50 人以下の場合）。合わせて年 7 万円が、いちばん小さい会社の下限になります。

額が大きいのは市区町村ぶんのほうです。資本金をいくらにするかを決めるとき、設立時の登録免許税だけでなく、この毎年の額も一緒に見ておくと迷いません（一章）。

地方税法 第52条（道府県民税の均等割の標準税率——資本金等の額が千万円以下の法人は年額二万円）（抜粋）

第五十二条　法人の均等割の標準税率は、次の表の上欄に掲げる法人の区分に応じ、それぞれ同表の下欄に定める額とする。

一　ホ　資本金等の額を有する法人（法人税法別表第二に規定する独立行政法人で収益事業を行わないもの及びニに掲げる法人を除く。以下この表において同じ。）で資本金等の額が千万円以下であるもの……年額二万円

地方税法 第312条（市町村民税の均等割の標準税率——資本金等の額が千万円以下・従業者五十人以下の法人は年額五万円）（抜粋）

第三百十二条　法人に対して課する均等割の標準税率は、次の表の上欄に掲げる法人の区分に応じ、それぞれ同表の下欄に定める額とする。

一　ホ　資本金等の額を有する法人（法人税法別表第二に規定する独立行政法人で収益事業を行わないもの及びニに掲げる法人を除く。以下この表において同じ。）で資本金等の額が千万円以下であるもののうち、市町村内に有する事務所、事業所又は寮等の従業者（政令で定める役員を含む。）の数の合計数（次号から第九号まで及び第五項において「従業者数の合計数」という。）が五十人以下のもの……年額五万円

条例で上乗せしている団体がある

標準税率は、そのまま適用されるとは限りません。都道府県も市区町村も、条例で標準より高い税率を定めることができます。

47 都道府県を調べたところ、都道府県ぶんの均等割に上乗せがあるのは 34 都道府県で、標準の 20,000 円のままなのは 13 都道府県でした。森林の整備を目的とした県税を上乗せしている県が多く、名称も額も県ごとに違います。いちばん高いのは滋賀県の年 22,200 円です。

市区町村ぶんについては、本店を置く市区町村の公式ページでお確かめください。当サイトが県別に載せているのは都道府県ぶんです。

東京都の法人県民税 均等割

東京都では、いちばん小さい区分（資本金等の額 1,000 万円以下）で年 20,000 円です。 地方税法の標準税率どおりで、上乗せはありません。

都では、法人税割の超過課税を実施しており、あわせて資本金の額（又は出資金の額）が1億円以下で、かつ法人税額が年1,000万円以下の法人は、標準税率となる不均一課税を行っています。

これに市区町村ぶんが加わります。市区町村ぶんが標準税率どおりなら、東京都で資本金 1,000 万円以下・従業者 50 人以下の会社が納める均等割は、合わせて年 70,000 円です。市区町村が条例で上乗せしていれば、そのぶん増えます。

法人事業税は超過課税が行われています。

• 法人県民税について（東京都公式）
• 税率表（PDF・東京都公式）

最終確認日：2026年8月31日

八設立のあと

設立のあとにやること

会社は登記で成立し、そこから期限が動き出す

会社は、本店の所在地で設立の登記をすることによって成立します。登記が完了した日ではなく、申請書を出した日が設立日です。

成立すると、いくつもの届出の期限が同時に動き出します。提出先は国と都道府県と市区町村に分かれ、期限もそれぞれ違います。

会社法 第579条（持分会社の成立）

第五百七十九条　持分会社は、その本店の所在地において設立の登記をすることによって成立する。

税務署・都道府県・市区町村への届出

税務署へは法人設立届出書を出します。青色申告の承認を受けるなら承認申請書が、給与を払うなら給与支払事務所等の開設届出書が要ります。従業員が少ないうちは、源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請書も一緒に出すのが通例です。

都道府県と市区町村にも、それぞれ法人設立の届出が要ります。提出期限も様式の名前も都道府県ごとに違います。47 都道府県を調べたところ、期限を公表しているのは 30 都道府県で、残る 17 県は公式にも条例にも日数の定めが見当たりませんでした。

社会保険は、役員報酬を出すかどうかで決まる

法人の事業所は、常時従業員を使用するものが健康保険と厚生年金保険の適用事業所になります。そして保険に加入する（被保険者になる）のは、適用事業所に使用される者です。

役員がこれに当たるかどうかは、法人から労務の対償として報酬を受けているかで決まります。社長ひとりの会社で役員報酬を出さないのであれば、被保険者になる人がいませんので、加入の手続きも要りません。役員報酬を出すと決めた時点で、社長ひとりでも加入します。

被保険者が生じたときの新規適用届の期限は、事実の発生から 5 日以内です。従業員を雇うなら、労働保険の成立届と雇用保険の適用事業所設置届も要ります。

厚生年金保険法 第6条第1項第2号（法人の事業所であって常時従業員を使用するものは適用事業所）（抜粋）

第六条　次の各号のいずれかに該当する事業所若しくは事務所（以下単に「事業所」という。）又は船舶を適用事業所とする。

二　前号に掲げるもののほか、国、地方公共団体又は法人の事業所又は事務所であつて、常時従業員を使用するもの

厚生年金保険法 第9条（適用事業所に使用される七十歳未満の者は被保険者）

第九条　適用事業所に使用される七十歳未満の者は、厚生年金保険の被保険者とする。

役員報酬は、設立から 3 か月以内に決める

役員報酬を損金に算入するには、原則として事業年度の途中で金額を動かさないことが要ります。設立第 1 期については、設立の日から 3 か月以内に開いた株主総会などで決めた額が起点になります。

申告の期限より先に来る期限ですので、決算のときに気づいても間に合いません。設立後にまとめて片づける手続きのなかで、これがいちばん取り返しがつきにくいものです。

東京都への法人設立の届出

東京都では、法人県民税・法人事業税の窓口が本店の所在地によって分かれます。主たる事務所等の所在地を所管する都税事務所（都税支所）・支庁が提出先です。主たる事務所等の所在地を所管する都税事務所（都税支所）・支庁までお問合せください。

所管区域の根拠：23区内の法人は、都の特例として、市町村民税相当分もあわせて都民税として所管の都税事務所に申告して納めます。市町村にある法人は、都税事務所（都税支所）・支庁に都民税を申告して納めるほかに、市役所、町村役場に市町村民税を申告して納めます。

届出の期限は開始・設置の日から15日以内です。様式の名称は「法人設立・設置届出書」です。

法人を設立した場合、都内に初めて支店等を設置した場合、その他納税義務が生じた場合／法人設立・設置届出書／開始・設置の日から15日以内

国の税務署へ出す法人設立届出書とは、提出先も様式も別です。まとめて済ませることはできません。

• 届出の様式（東京都公式）
• 法人県民税・法人事業税の届出について（東京都公式）
• 東京都の都税事務所の場所と管轄（pref.nodokaya.jp）

市区町村にも同じように法人設立の届出が要ります。期限と様式は市区町村ごとに違いますので、本店を置く市区町村の公式ページでご確認ください。